lib.funciones.js
Código PHP:
function miAlert(str) {
alert(str);
}
lib.hola.js
Código PHP:
function miAdios() {
miAlert("Adios");
}
Espero haberme explicado.
P.D.: No me digais que ponga todas las funciones dentro de un mismo archivo, por que la idea es separar las funciones en diferentes archivos para reducir su tamaño.