hola truman,
 
cuando abres un popup desde una página, dicha página se convierte en 'padre', y el popup en 'hija', vale?
para comunicarte con tu hija, puedes hacerlo creando una variable que habra el popup, y usando dicha variable, podrás pasarle datos al popup:    
Código HTML:
Ver original- var ventanaHija = window.open('Tut_VentanaHija.aspx'); 
- //si, por ejemplo en tu ventana hija hay una caja de texto con ID='caja' puedes pasarle datos 
- ventanaHija.document.getElementById('caja').value = 'valor pasado desde ventana padre'; 
... y para pasar datos a tu página padre usas window.opener:    
Código HTML:
Ver original- window.opener.document.getElementById('caja_ventana_padre').value = 'valor pasado desde ventana hija'; 
espero haberme explicado bien. 
saludos.