gracias por las sugerencias, lo solucione de esta forma, en dos textboxes guardo la hora de inicio y la hora de termino respoectivamente, la de inicio en el evento onload del tag body y la hora de termino al hacer el submit
Código PHP:
function HoraInicio()
{
var _d = new Date();
var seg = _d.getHours()+":"+_d.getMinutes()+":"+_d.getSeconds();
document.getElementById('hinicio').value = seg;
}
function HoraTermino()
{
var _d = new Date();
var seg = _d.getHours()+":"+_d.getMinutes()+":"+_d.getSeconds();
document.getElementById('htermino').value = seg;
}