No has contestado a mi última pregunta. Asi que asumo que sí, que ahora sabes por qué no se ejecuta el SCRIPT cargadado sólo con AJAX sin procesarlo.
La utilización de AJAX en realidad es irrelevante, el fondo de la cuestión es el cómo ejecutar scripts cargados de forma dinámica. La procedencia de la cadena donde está contenida el script no importa.
Cuando tengas claro esa idea, si relees todo lo que he puesto, verás lo que quería decir.