Esta sería una manera lanzando el popup. Si no, como te dijeron, con las funciones en la ventana secundaria y referenciando via opener.
Código PHP:
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>test</title>
<script>
var ventana;
function checkwhere(e) {
if (document.all){
xCoord = ventana.event.x +ventana.document.body.scrollLeft;
yCoord = ventana.event.y +ventana.document.body.scrollTop;
}
else if (ventana.document.getElementById && navigator.userAgent.indexOf('Safari')==-1){
xCoord = e.clientX+ ventana.scrollX;
yCoord = e.clientY+ ventana.scrollY;
}
else if (document.getElementById) {
xCoord = e.clientX;
yCoord = e.clientY;
}
document.getElementById('pp').innerHTML='x: '+xCoord+'<br />'+'y: '+yCoord;
}
function v(){
ventana=window.open('','','width=500,height=500');
ventana.document.open();
ventana.document.write('<html><head></head><body><h1>hola</h1></body></html>');
ventana.document.close();
ventana.document.onmousemove=checkwhere;
}
window.onload=v;
</script>
</head>
<body>
<div id="pp"></div>
</body>
</html>