Aqui mismo Saruman me dio un código para oblicar al usuario marcar al menos una checkbox a la cual, le agregue un confirm.
Lo que quiero hacer ahora, es que cuando un usuario elija la opción cancelar, la checkbox elegida se limpie o no quede seleccionada, porque ahora cuando el user elije cancelar la acción eliminar, la chek queda marcada.
Haber si me dan un aventón.,

Código HTML:
 function validar_checkbox(f) { 
var total = form1["grupocheck[]"].length; 
var selected = false; 
if (total != null) { 
for (i=0; i<total; i++) { 
    if (form1["grupocheck[]"][i].checked == true) { 
     selected = true; 
     break; 
    } 
} 
} else { 
if (form1["grupocheck[]"].checked == true) { 
    selected = true; 
} 
} 
if (selected == false) { 
alert("Debe seleccionar al menos una opción."); 
return false; 
}else{
	var agree=confirm("Esta seguro que desea eliminar los elementos seleccionados");
	if (agree){return true;
	}else{ return false;
	}
} 
} 
 
