Bueno, por fin puedo volver a este problemilla.
En las pruebas que había hecho, lo he solucionado asi
Código:
document.forms[0].action = "popup.asp";
document.forms[0].target = "_blank";
document.forms[0].submit();
//nuevas asignaciones necesarias pq el usr puede querer seguir navegando en esta pagina, y el action y target debe ser para ello los indicados
document.forms[0].target = "";
document.forms[0].action = "windowInicial.asp";
y funciona.
El cambiar el action y el target antes del submit, y luego, "recuperar" sus valores iniciales, es porque en la ventana inicial hay una aplicacion que navega por un recordset (asp), q por funcionalidad en el action se llama a si misma, y q presenta un formulario con varios checkbox, los cuales sirven para ver o no los datos de cada registro cuyo checkbox haya sido marcado, y en el pop up se visualiza una vista preliminar de estos, por lo q dichos checkbox deben ser enviados al popup.
(¿me habré explicado bien?)
Un lio.
En cuanto tengo un momento, pruebo la sugerencia de tunait.
Gracias a todos por vuestra ayuda.