Disculpen la demora, pero por fin ya lo solucione.
El problema radicaba en la combinación de un iframe con las capas. Aparentemente IE 5.0 no lee bien los z-index de las capas, o más bien, no es capaz de combinarlos junto a iframes. ¿Qué es lo que pasaba?: En una misma página tenía un iframe ocupando casi todo el cuerpo de la página, y al fondo una barra tipo navegación. Esta barra estaba puesta dentro de una capa, cargándose sobre el iframe y dando una cierta profundidad a este último (ya que al hacer scroll el contenido del iframe salia desde la barra).
En IE 6.0 todo se cargaba bien. Me parece que lo que hace el explorador es otorgarle al iframe un valor default de z-index (digamos 1 o 0) y las capas aparecen en su lugar correcto (x,y) y en su z-index correcto (2,3,4, etc.) sobre el iframe.
Con IE 5.0, aparentemente el explorador por default sitúa al iframe sobre todas las demas capas. Yo creía que era un problema de posición (x,y) pero en realidad las capas están en su lugar correcto, sin embargo el iframe aparece sobre estas, tapando parte de ellas (lo que en un principio creí era un problema de la posición
) Ahora bien, aunque el iframe aparece sobre las demás capas, éstas mantienen entre sí su z-index correcto, cargándose una sobre otra tal como yo lo especifiqué pero siempre bajo el iframe.
No sé qué pasará con IE 5.5 pues no pude probarlo.
La única "solución" que encontré fue cambiar el tamaño del iframe para que no tapara las capas. Según lo que entiendo, no es posible otorgarle un z-index a un iframe, sin embargo me parece radical la variación del comportamiento entre dos exploradores tan "cercanos" (5 y 6) para un mismo elemento: uno lo sitúa al frente de todo y el otro al fondo.
Espero que a alguien le sirva esta información (a lo mejor soy el único que trabaja con iframes y capas).