Hola fijate si te sirve esto yo lo arme asi...
Código:
var i = 0;
function cambiarColor() {
i++;
var color = new Array('white','blue');
var celda = document.getElementById('colorear');
celda.style.backgroundColor = color[i % 2];
setTimeout('cambiarColor()',1000);
}
window.onload = cambiarColor;
Código HTML:
<table cellpadding="5" border="1">
<tr><td id="colorear"> DATO 1 </td><td> DATO 2 </td></tr>
<tr><td> DATO 3 </td><td> DATO 4 </td></tr>
</table>
La idea es darle id a la celda que queres hacer parpadear y luego en la funcion cada vez que la llamas incrementas un numero que con una funcion modulo vale siempre 0 o 1 en este caso las posibles posiciones del array con colores.
Saludos