entiendo que tu estructura es ésta:
+=============================+<---intranet
||................................................ ..||
||...+---------------------------------||<---gestión
||...|
..............................................||
||...|
.....+----------------------------||<---config
||...|
.....|........................................||
||...|
.....|........................................||
||...|
.....|........................................||
||...|
.....|........................................||
||...|
.....|........................................||
||...|
.....|...............boton.................||
+==+===+=======================+
Y que tú quieres desde "botón" cerrar todo el marco 'gestión' (que contiene a config).
Si lo que quieres es cerrarlo: top.intranet.nombredelmarcogestion.close()
Si lo que quieres es que "vuelva" al contenido que tuviera antes ('portada.htm', por ejemplo):
top.intranet.nombredelmarcogestion.location.href=p ortada.htm
Pruébalo a ver y di si es lo que necesitabas (viernes a estas horas de la tarde, el cerebro no va tan bien como uno desearía, así que puede que me haya colado con algo...

)