Querido Epa
Si en todas las páginas tienes ese código, tal cual está provoca que por cada página que se abra, abra una ventanita nueva que en su interior tiene otra pagina con el mismo código que abre otra ventanita con el mismo código que abre otra ventanita....
Métela dentro de una función y llámala donde quieras, o simplemente no pongas el código en todas.
Si tienes código sin estar dentro de una función lo que hará será autoejecutarse tal y como lo lea el navegador.
<script language="JavaScript">
window.open("http://www.misitio.com/index.htm", "", "directories=no, menubar =no,status=no,toolbar=no,location=no,scrollbars=ye
s")
</script>
Se carga y se ejecuta.
Si quisieras que se abriera ante algún otro evento que tú controlaras podrías entonces meterla en una funcion:
<script language="JavaScript">
function ventanita()
{
window.open("http://www.misitio.com/index.htm", "", "directories=no, menubar =no,status=no,toolbar=no,location=no,scrollbars=ye
s")
}
</script>
Sólo tendrías entonces que llamarla en el momento que quisieras
onAlgo="ventanita()"
:)