No sé si te vale con comprobar si las cookies están activas al cargarse la página:
Código:
if( navigator.cookieEnabled == false )
alert("Su navegador tiene las cookies desactivadas");
Al respecto de cambiar la configuracion en el navegador... dudo que se pueda, sobre todo porque si un usuario no quiere que le llegen cookies por la razón que sea... ¿de qué serviría entonces que lo configurase en el navegador?
O como dices, también puede influir la configuración de el firewall o de cualquier plugin que pueda evitarlas...
Pero igual alguien sabe algo más del tema.
EDITADO: no me di cuenta de que JavierB ya te puso una forma de cómo controlar si las cookies están activadas