Hola,
pues funciona exactamente igual que si estuviera el código en las páginas, sólo que en cada página en vez de estar repetido todo el código hay una llamada a un archivo externo de tipo .js o .css que lo contiene.
Éstos archivos contienen sólo código javascript o css. No llevan directivas html. No se necesita declarar en ellos <script language> ni <style type>. Simplemente contienen el código.
Luego en cada documento en donde quieras usar ese código habrás de poner en <head> lo siguiente:
En el caso de que quieras llamar a un archivo .js
<script language="javascript" src="codigo.js"></script>
en donde
codigo.js es el nombre o ruta del archivo que contiene el código.
En el caso de un archivo de tipo .css lo llamarías también desde <head> de la siguiente forma:
<link rel="stylesheet" href="codigo.css" type="text/css">
en donde
codigo.css es el archivo que quieres incluír.
Un saludo