Hola, BooMeranGz 
 
No sé si se pueden incluir controles de reproducción para el Flash. Mejor pregunta en el foro de Flash.
Para el AVI te pongo 2 códigos: uno para que se abra con QuickTime, otro con Media Player:  
Código:
 <object classid="clsid:02BF25D5-8C17-4B23-BC80-D3488ABDDC6B" 
 codebase="http://www.apple.com/qtactivex/qtplugin.cab" 
 width="Ancho_de_la_pelicula" height="Alto_de_la_película + 16 "
 >
 <param name="src" value="Nombre_del_archivo">
 <param name="autoplay" value="false">
 <param name="controller" value="true"> 
 <param name="volume" value="0"> 
 <embed src="Nombre_del_archivo" quality="high" 
 pluginspage="http://www.apple.com/quicktime/download/" 
 controller="true" autoplay="false" volume="0" 
 type="video/quicktime" 
 width="Ancho_de_la_pelicula" height="Alto_de_la_película + 16 "
 >
 </embed>
 </object>
  
Código:
 <object classid="CLSID:22D6F312-B0F6-11D0-94AB-0080C74C7E95" 
 type="application/x-oleobject" 
 standby="Cargando..." 
 width="Ancho_de_la_pelicula" height="Alto_de_la_película + 44 "
 >
 <param name="FileName" value="Nombre_del_archivo"> 
 <param name="AutoStart" value="0"> 
 <param name="AutoRewind" value="0"> 
 <param name="ShowControls" value="1"> 
 <param name="ShowAudioControls" value="0"> 
 <param name="Mute" value="1"> 
 <embed src="Nombre_del_archivo" 
 pluginspage="http://www.microsoft.com/isapi/redir.dll?prd=windows&sbp=mediaplayer&ar=Media&sba=Plugin&" 
 AutoStart="0" AutoRewind="0" ShowControls="1" ShowAudioControls="0" Mute="1" 
 type="application/x-mplayer2" 
 width="Ancho_de_la_pelicula" height="Alto_de_la_película + 44 "
 >
 </embed>
 </object>
  Si quieres que se abra una ventana emergente con la película, es cuestión de que estos códigos los escriba javascript.
Algo así: 
 Código PHP:
    function peliculaQT(nombre,ancho,alto)
{
alto = parseInt(alto)+16    //espacio para los controles
var tx = '<html><head></head><body style="margin:0;text-align:center;">'
tx += '<object classid="clsid:02BF25D5-8C17-4B23-BC80-D3488ABDDC6B" '
+ ' codebase="http://www.apple.com/qtactivex/qtplugin.cab" '
+ ' width="' + ancho + '" height="' + alto + '">'
+ ' <param name="src" value="' + nombre + '">'
+ ' <param name="autoplay" value="false"> '
+ ' <param name="controller" value="true"> '
+ ' <param name="volume" value="0"> '
+ ' <embed src="' + nombre +'" quality="high" '
+ ' pluginspage="http://www.apple.com/quicktime/download/" '
+ ' controller="true" autoplay="false" volume="0" '
+ ' type="video/quicktime" '
+ ' width="' + ancho + '" height="' + alto + '">'
+ ' </embed></object>'
+ '</body></html>'
 
var params = 'width=' + (ancho+8) + ', height=' + (alto+8) + ', resizable=yes'
var ventPeli = window.open("","",params)
ventPeli.document.open()
ventPeli.document.write(tx)
ventPeli.document.close()
}