buenas...
Cita: Mi pregunta es si javascript no trabaja con formatos HTML del tipo "más".
no, javsacript no procesa las entidades html. esto porque javascript no es un motor html (user-agent, correctamente dicho). cabe hacer una señalación importante sobre este aspecto. mientras el mensaje sea directamente mostrado con javascript —alert, confirm, prompt u otro parecido—, requerirás escribir el texto tal cual es. es decir, si por ejemplo hay acentos, tienes que escribirlo como es.
sin embargo, para otros métodos —innerHTML o document.write— puedes usar ambas formas: como la anterior o con entidades. nótese que las entidades funcionan con innerHTML o document.write porque es el navegador quien realmente está procesando el texto mas no javascript. si el texto original esta escrito sin entidades, entonces debes cotejar la codificación para que se muestren correctamente.