Problema al ejecutar php desde ajax

[SeaPirates]

Hola, con una funcion ajax ejecuto un archivo php donde hace unas consultas a la db.
El problema es que si pongo scripts en ese archivo, ajax no los pasa y entonces tengo problemas con un contador que se inicia al ejecutar el script. Tengo otro script que me ejecuta el mismo contador en la página principal, pero no se como hacer para cambiar el valor del contador dependiendo de cual se defina en el archivo php que ejecuto.

Me explico:

en el index tengo este script, que recoje los datos del contador al cargar la pagina, si el contador esta activo:

Código:

var hora_t = "<? echo $rest; ?>";
function ref_hora(){  
hora_t -= 1;
if(hora_t <= 0){
hora_t += 3600;
}
var hora_p2 = Math.floor(hora_t/60/60);
var min_p2 = Math.floor(hora_t/60);
var sec_p2 = hora_t%60;
if(hora_p2 < 10){
var hora = '0'+hora_p2+'';
}else{
var hora = hora_p2;
}
if(sec_p2 < 10){
sec_p2 = '0'+sec_p2;
}
var min_p22 = min_p2%60;
if(min_p22 < 10){
var mini = '0'+min_p22+'';
}else{
var mini = min_p22;
}
document.getElementById('timer').innerHTML = ''+hora+':'+mini+':'+sec_p2+'';
}
 setInterval('ref_hora();',1000);

Con ajax llamo a un archivo php para ejecutar unos sql, y se muestra el div del contador, el problema es que como el script anterior no recibe los segundos que defino en el archivo php empieza desde 01:59:59, es decir la variable de segundos se queda vacia

No sé si me abre explicado

[maycolalvarez]

¿y dónde está el código AJAX?, y no se entiende lo que quieres