No uso modernizr y no puedo responder por su soporte, aunque me resulta raro que falle; me inclino por la posibilidad de que estés usándola de manera inadecuada o que realmente el navegador no soporte ese tipo (Firefox no lo soporta, por ejemplo).
Pero, ¿por qué depender de una librería?, ¿por qué no usar una alternativa de detección, como por ejemplo esta?:
Código PHP:
<script>
var el=document.createElement('input');
el.setAttribute('type','datetime-local');
if(el.type!=='text'){
alert('hay soporte');
}else{
alert('no hay soporte');
}
</script>