MathJax y los archivos .js

[Biiiiilm]

Hola.
En primer lugar, no sé si estoy poniendo el tema en el subforo correcto. De no ser así, me disculpo por las molestias.
Vamos con el problema...

Estoy escribiendo un blog sobre matemáticas, y necesito de una herramienta para poder escribir en LATEX. Entonces he recurrido a MathJax, importo la librería en la cabecera del blog con HTML:

Código:

<script type='text/x-mathjax-config'>
  MathJax.Hub.Config({
    extensions: ["tex2jax.js"],
    jax: ["input/TeX", "output/HTML-CSS"],
    tex2jax: {
      inlineMath: [ ['$','$'], ["\\(","\\)"] ],       displayMath: [ ['$$','$$'], ["\\[","\\]"] ],
      processEscapes: true
    },
    "HTML-CSS": { availableFonts: ["TeX"] }
  });</script>
<script src='path-to-MathJax/MathJax.js' type='text/javascript'/></script>
<script src='http://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' type='text/javascript'/></script>

Y a partir de ahora, todo lo que ponga dentro de los signos de dollar ($) pasa a ser código LATEX. Una maravilla, hasta ahí todo bien.
No obstante, cuando importo código de un archivo javascript, MathJax deja de leerlo como código y se transcribe literal. Es decir, si pongo $\alpha$, debería salir la letra alfa, sin embargo, en la presentación del blog sale el código sin implementar.

Para que sea más sencillo os detallo lo que tengo:
- En el blog:

Código:

<script src="http://.../archivo.js" type="text/javascript"></script>
<script type='text/x-mathjax-config'>
  MathJax.Hub.Config({
    extensions: ["tex2jax.js"],
    jax: ["input/TeX", "output/HTML-CSS"],
    tex2jax: {
      inlineMath: [ ['$','$'], ["\\(","\\)"] ],       displayMath: [ ['$$','$$'], ["\\[","\\]"] ],
      processEscapes: true
    },
    "HTML-CSS": { availableFonts: ["TeX"] }
  });</script>
<script src='path-to-MathJax/MathJax.js' type='text/javascript'/></script>
<script src='http://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' type='text/javascript'/></script>
<br />
<div id="ecuacion"></div>

- En el archivo .js:

Código:

window.onload = function() {
  document.getElementById('ecuacion').innerHTML = '$\alpha$ $\alpha$';
}

Siento haberme extendido tanto, pero tengo la esperanza de que cuanto más desarrolle el problema más seréis capaces de ayudarme.

Un saludo y gracias por leer.