Para todos los que preguntaban como ejecutar el codigo javascript que viene embebido en nuestras paginas llamadas por AJAX.
Acabo de crear un funcion que lee el codigo incluidos en esta, ya sea en src o funciones y las pone en modo de ejecucion
ejemplo aqui
http://www.enterdev.com/proyectos/parser/ParserJS.php
Archivo de descarga del ejemplo aqui
http://www.enterdev.com/proyectos/parser/ParcerJS.zip