Buenas. Si tenés esos dos combos, la lógica es la siguiente: el primero es independiente y el segundo está "atado" al primero. Al cargar la página (o en otro evento que prefieras), tenés que llenar el combo de regiones. El combo de comunas también se llena, con las comunas de una región determinada por defecto (o a elección). O sea, hacés una consulta para traer todas las regiones y otra que traiga las comunas de una región determinada.
El combo comunas tiene que cambiar siempre que se cambie de región, ¿no?. Bueno, entonces lo que tenés que hacer es una función que se dispare en el evento "onChange" del combo de regiones. Esa función debería tomar alguna referencia a la región seleccionada (un "id_region", por ejemplo) y hacer una consulta que traiga todas las comunas de esa región. Una vez que las tenés, actualizás el combo comunas con los nuevos valores y listo.
Suerte
PD. 24/01: Date una vuelta por este thread
http://www.forosdelweb.com/f127/ejemplos-pulldown-dependiente-ping-pong-366079/