Hola neón.
Lo que preguntas depende de cada plantilla. Existen plantillas que te permiten cambiar la imagen del logo desde el propio backend del joomla, más concretamente desde las opciones de configuración de la plantilla, digamos que la propia plantilla te deja subir una imagen desde tu ordenador de modo dinámico y sustituir el logo por defecto. Pero esto va a ser las menos de las veces. Lo normal es tener que cambiar el logo manual. Te explico cómo se hace en el común de las situaciónes:
La mayor parte de las plantillas suelen tener la siguiente estructura ---> una carpeta (la template) que contiene a otras carpetas, una de ellas que se llaman images (un directorio para las imagenes), css (directorio para la/s hoja/s de estilo), un archivo index.php, un archivo xml, una miniatura jpg tipo thumbnail, etc, y opcionalmente traen otras carpetas como bibliotecas de javascript y otras utilidades. En este caso lo que nos interesa es la carpeta images. Una manera sencilla de mirarlo sería buscar dentro de esa carpeta cuál es la imagen a sustituir, dando en Vistas de icono para tener la referencia visual.
Otra manera de detectarla es usar el plugin
firebug para firefox, esto sería un poco largo de explicar, puedes mirarte esto a ver si te ayuda:
http://es.wikipedia.org/wiki/Firebug ---> Nota: esta herramienta resulta muy util en general para muchas cosas.
Una vez detectada la imagen sustituirla por la imagen que te interesa. La forma más sencilla, renombra tu logo como el logo que hay en la template (en la misma extensión, jpg, gif, etc) y sobreescribe el antiguo por el nuevo.
Puede suceder que la imagen no quede exactamente como pensabas, ya que depende de qué forma esté insertada mediante el css, si es como background de un div, etc, puede que tengas que tocar el css en los atributos de la imagen en lo relativo a dimensiones, si quieres que se vea más, grande, pequeña, etc. Para eso te puede ayudar mucho el firebug que te comentaba antes.
Ya me cuentas si te funcionó, un saludo.