Ahora que miro el código, hacerlo manualmente puede serte un infierno; yo no sé ni por dónde empezar.
Mejor, mira aquí ;) [en inglés]
http://www.joomlahacks.com/component...4/topic,4031.0
Te da los archivos ya parcheados en los enlaces, sólo tienes que subirlo a la ruta de tu instalación (no a /templates, sino a la principal). Según qué versión de Joomla uses, elige la adecuada.
Te recomiendo que le cambies el nombre de tu index.php a index.php.bak o similar, por si tienes que hacer algún cambio después o por simple copia de seguridad.
En este
hilo al final tienes los parches de 1.0.11 y 1.0.12 ;) Es una FAQ muy completa.
Nos vemos ;)
PS: No te voy a poder ayudar más hasta mediados de agosto, ya que me voy de viaje. Si necesitas algo más, busca en los foros de Joomlahacks.com que está casi todo planteado y solucionado, aunque en inglés ^^'