Yo lo haría de esta manera: tendría un post-type llamado 'proyectos'. En este usaría lo más posible con la estructura que por defecto wordpress ofrece para un post (titulo, cuerpo, extracto, taxonomías, attachments, etc). El resto de los campos que no puedas -o no convenga- incluir en la estructura por defecto serán custom fields.
Luego, una estructura de plantillas de páginas que haga de 'panel de control' de usuario/proyectos. Cada post(type) y página guarda el id del autor en el campo post_author, por lo que no te sería nada dificultoso permitir el listado/edición/eliminación de los proyectos para cada usuario. De hecho, el post-type lo podés definir como 'hierarchical = true' y permitir el uso de sub-proyectos (como las páginas, que pueden tener sub-páginas).
Luego, es cuestión de utilizar las funciones que WP te ofrece para manejar posts, como por ejemplo
wp_insert_post() (y veridicá las relacionadas al final), y custom fields (como add_post_meta(), update_post_meta(), delete_post_meta()... etc)
Cita: Creo que el sistema esta bastante complicado para lo que necesito, lo podría hacer yo al sistema a medida con php y mysql pero me llevara un poco mas de tiempo, por eso decidí hacerlo en WP.
Prácticamente sería como hacerlo 'a mano sin usar WP', pero tenés el beneficio de contar con muchas herramientas listas como la gestión de usuarios y, además, podés usar el resto del WP normalmente para crear lo demás.
Espero te sirva de algo