Por si te sirve de ayuda, yo tengo algo parecido en una instalación y no me da problemas, el htaccess que tengo es el que genera WordPress:
En el sitio principal (dominio.com) tengo esto:
Código:
# BEGIN WordPress
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>
# END WordPress
En el subdirectorio tengo un blog (/blog/) con otro htaccess con esto:
Código:
# BEGIN WordPress
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /blog/
RewriteRule ^index\.php$ - [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /blog/index.php [L]
</IfModule>
# END WordPress
Observa que el subdirectorio se llama blog, ahí tendrás que poner el nombre del tuyo.
Aunque, como dice eragas, quizá sea mejor usar subdominios, más que nada para que las herramientas de análisis y SEO te funcionen mejor, algunas no funcionan bien en subdirectorios.