Para evitar que te de una mala informcion ve a esta pagina y date una idea de si es o no es compatible y que es lo que debes hacer. Porfavor lee todo lo que puedas en esta pagina ya que la informacion es de gran valor y tomate el tiempo porque ahi estan muchas de las respuesta a tus preguntas sobre LINUX y NTFS
http://linux-ntfs.sourceforge.net/info/ntfs-es.html#1.2
Ahora de que si es conveniente para ti el hacer la conversion o no ? no se que decirte o contestarte. Yo en lo particular prefiero el FAT32 porque es mas facil formatear el disco duro a la hora de problemas mayores. Pero prefiero el NTFS porque desde "MI PUNTO DE VISTA" es mas estable. Va a haber gente que te va a decir que no es cierto, en fin es question personal.
En lo que se refiera a seguridad yo lo veo de esta manera.
Si alguine entra a mi PC y se lleva o agarra carpetas (FILES) lo unico que va a pasar es que voy a sentirme mal si me borran los MP3 que tengo, pero no creo que la "seguridad nacional" se vaya a ver en problemas por lo demas que hay en mi PC. La mayoria de la gente quiere su privacidad, seguridad en fin todo eso. Pero en realidad tu tienes documentos tan valiosos en tu PC asi como para tener que hacer cambios cada vez que MICROSOFT sale con algo nuevo?
Suerte y dejanos a saber como te fue