Cita: ¿me conviene cambiarme de NTFS a FAT?
Eso depende de tus necesidades. Si por ejemplo lo que necesitas es acceder desde windows98 a los datos que has guardado en windows2000, la mejor solucion seria que crearas una tercera particion, con formato fat32, donde guardaras ahi todos los datos ya que asi pueden acceder los dos windows sin ningún problema.
Sinó, yo te recomendaria que dejaras a windows2000 con NTFS.
Cita: hay ventajas de NTFS respecto de FAT
Sobre las ventajas que tiene NTFS, ahí van un pequeño resumen. Soporta discos duros mas grandes, permite agrupar diferentes particiones de varios discos en una sola unidad, permite comprimir los datos y sobre todo ofrece mucha seguridad tanto contra fallos de maquina como ante intrusos. Esto ultimo es muy importante, con NTFS puedes aplicar permisos a tus archivos, carpetas, directorios con los que permitir o denegar a los usuarios. Esto último con fat32 no se puede, si tu compartes una carpeta puede entrar en ella todo el mundo, en cambio si estuviera la carpeta en NTFS puedes decir quienes solo pueden acceder a ella, .
Espero que te haya resuelto las dudas.
Un saludo a todos.