Un SATA es mucho más rápido que un ATA.
Si queres usar el ATA para instalar tu SO, lo podes hacer sin problemas y dejar el SATA para datos.
En ese caso, te recomiendo que solo instales ahí el windows y sus actualizaciones. Cuando vayas a instalar cualquier otro programa, redirecciona la instalación al SATA.
Ejemplo: ATA va a ser C y el SATA D. Al realizar cualquier instalación, te va a preguntar si vas a hacer una instalación estándar o personalizada, al darle personalizada, te va a aparecer en alguna sección la ruta de C:\Archivos de programa\<programa a instalar>, simplemente cambia la C por D para que quede D:\Archivos de Programa\<programa a instalar>.
De esa forma te aseguras tener siempre suficiente espacio en el DD de 40 gigas para las actualizaciones de XP, memoria virtual, cache en disco, etc.
Si vas a realizar la instalación en el SATA, te recomiendo particionar y no utilizar los 250 gigas en una sola partición. Podrías hacer una partición primaria de 40 o 50 gigas y el resto para tus datos. Luego realizas el procedimiento que te expliqué arriba.
Solo una cosita adicional el cual a la ves es un comentario.
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