Necesitas darle un formato de bajo nivel.
Si no hay información que sea necesario respaldar, haz lo siguiente:
*Primero procura dejar conectado "Sólo el HDD con daño y al menos Una unidad de CD y el drive de 3 1/2".
*Inicia con un diskette ó CD de instalación de Windows 98 ó Millennium.
*Utiliza FDISK para eliminar la partición existente. Luego vuelve a crearla con el mismo FDISK. Reinicia el equipo cuando se te pida, y procura seguir iniciando con diskette o CD.
*Ahora utiliza el comando FORMAT para marcar sectores defectuosos:
FORMAT C: /u /s (la segunda variable "/s", es para el caso de que quieras tener arranque de sistema en modo DOS).
Este proceso puede tardar un buén rato, ya que el formato de bajo nivel, a diferencia del rápido que se hace a través de windows, hace verificación y marcado completo de la superficie del disco duro.
Otra es que quieras utilizar el formateo de XP, pero a mi juicio no es muy efectivo (igual el chkdsk). Y por esa razón, no he dejado en el olvido a 98 y/o Me.