Hola tuliojr, bueno sinceramente no se q diferencia haya entre los verdes y los rojos, yo siempre me vuelo todos
La unica diferencia q he visto es q las rojas te aparecen en inglés y las verdes en español, al menos asi me sucede a mi. Ahora, en cuanto a la diferencia, pues no es algo extremadamente notable. Sin duda es una limpieza del registro la q estás haciendo, pero no por eso va a quedar la máquina como si fuera nueva.
Igual pasalo varias veces y elimina todo lo q te siga saliendo, porq a la primera no terminas, es necesario hacerlo nuevamente unos 2 o 3 veces mas. Y no importa si eliminas algo q te cause problemas, para eso se realiza el backup, así que cualquier cosa q borres puede ser recuperada mientras tengas marcada dicha opción siempre q uses el regseeker.