Hola,
El formato PDF me parece lo mas seguro. Cuenta con lectores gratuitos para casi el 100% de sistemas operativos, puedes protegerlo con contraseñe, puedes protegerlo de imprimir, de seleccionar texto.
Y no solo el acrobat puede crear PDF. Hasta cierta medida (fallan algunas caracteristicas), puedes pasar de un DOC a un PDF con una impresora ficticia, tambien tienes librerias y clases en PHP para crear PDFs programaticamente (por codigo), en java tambien hay varias cosas, solo por nombrar alguna gratuitas. Ahora no tengo enlaces, seria cuestion de rebuscar en google. Por ejemplo la clase PHP FPDF no soporta la proteccion de los documentos. Pero esta
http://www.ros.co.nz/pdf/ si puede.
Saludos.