Hola Francisco
Por lo que dices veo que eres nuevo, en esto de cobrar por el trabajo web, y hay muchos factores que entran en un asunto como este, pues pasamos del trabajo a la venta de ese trabajo.
Y todo es muy relativo, por ejemplo, ¿cuanto se cobra por tocar en un concierto? bueno pues mi grupo que no es conocido, bastante poco, ahora si se llamase POLICE o Rolling Stones creo que cobraríamos algo mas.
Te podría dar muchos consejos, pero me quedaría con aquel que dice:
Recuerda que cobras por lo que sabes hacer y no por lo que haces
y tambien uno muy practico:
Deja claro desde un principio, si es por escrito mejor, las condiciones, precios, cambios, secciones, etc, lo que a veces parece un proyecto simple se convierte en una pesadilla interminable,(ahora cámbiame esto, incluyeme ahora esta sección, espera 3 meses a que acabe ... y te doy el resto del material, etc etc.
de todos modos hay un articulo muy interesante que habla al respecto, y aunque sea para diseñadores en general lo podemos aplicar al web en particular.
http://www.alzado.org/articulo.php?id_art=652
Espero que te sirva, Buena suerte