javac --> Compilador de java.
java --> Ejecuta los .class.
javadoc --> Genera la documentación de la aplicación Java.
Más información aquí.
apt --> Viene incluido en el SDK pero no sé bien qué función cumple.
Más información aquí.
appletviewer --> Visor de applets.
jar --> Herramienta para crear archivos .jar.
Más información aquí.
jdb --> Herramienta para "debuggear" la aplicación.
javah --> Herramienta para generar código nativo
javap --> Herramienta para decompilar archivos .class (Existen herramientas gráficas mejores, como por ejemplo
JCavaj ).
extcheck --> Utilidad para detectar conflictos en archivos .jar
Obviamente la lista es más extensa pero creo que esto te puede servir, no?
Saludos.