Por cierto .. el urlencode() no sé si sabes para que sirve .. pero se usa para "codifcar" un URL y así no tengas problemas con caracteres como un espacio .. ñ, acentos .. etc. No lo uses en el nombre del link ...
Código PHP:
echo '<a href="algo.php?user='.urlencode(trim($linea)).'">'.trim($linea).'</a><br>';
Un saludo,