Mejor que virtualdub recomendaría virtualdubMOD, soporta más formatos
Acá tiens un manual detallado:
www.mundodivx.com/varios/dividiravi.php
Si los videos están en MPG, entonces no te sirve, tienes que usar por ejemplo tmpgenc:
www.mundodivx.com/varios/dividirmpg.php
Y si te falla, prueba con easy video splitter.
Suerte