Hola kittya,
Bueno yo te recomiendo que si recien estas aprendiendo J2EE, entonces empieza por el TOMCAT, claro que lo que si necesitas es tener ocnceptos elementales de JAVA, si aún no los tienes, entonces empieza primero por JAVA....
Para aprender J2EE, como te dije basta con el TOMCAT, y bastarìa con tener adicionalmente el J2SE o JDK, O JSDK (que tiene lo necesario ara Java).
El J2EE no es necesario, incluso como comenta tibu, si ya quieres entrar con fuerza aqui, entonces es mas recomendable el JBoss.
Un buen tutoral de JSp y Servlets en TOMCAT, para web applications Java lo encuentras en:
http://www.programacion.com/java/tutorial/aplic_jsp/ 