También se me ocurre que en el codebehind, para ocultar el panel, en vez de poner
Pongas
Código:
Dim strScript As String = "<script language=javascript> document.getElementById(""Panel1"").style.visibility = 'hidden'; </script>"
RegisterStartupScript("Ocultar", strScript)
Y para volverlo a mostrar
Código:
Dim strScript As String = "<script language=javascript> document.getElementById(""Panel1"").style.visibility = 'visible'; </script>"
RegisterStartupScript("Mostrar", strScript)
Espero que te sirva de algo. Un saludo.