No sé de que tipo de cuenta de e-mail hablamos .. pero si fuese tipo POP o IMAP (con acceso por ahí) .. podrías usar PHP para conectarte a esa cuenta con un script PHP y de ahí filtrar tus remitentes para obtener los e-mails que necesites bajo las condiciones que requieras. Mas info:
IMAP
www.php.net/imap
Si son cuentas tipo POP .. en sitios como
www.phpclasses.org podrías encontrar "objetos" que te ayudaran con esa taréa.
Un saludo,