Hola annel_galvez:
Lo importante es que se conozca la relación... Si las 2 ventanas son del mismo p(m)adre se puede usar la variable que se usó para abrirlo:
var ventana1 = window.open(...);
var ventana2 = window.open(...);
Luego desde ventana1 se puede poner:
opener.ventana2.close();
Saludos
