Yo estoy utilizando la version 4.0.13 de MySQL y aun sigue con los tres tipos de archivos.. .myi, myd y los .frm, en la carpeta DATA....
y al igual que tu, trabajo con innodb y myisam
pero independentemente de eso, puedes realizar un respaldo de tus basesde datos con el mysqldump
shell> mysqldump [opciones] nombre_base_datos
o bien, con mysqlhotcopy
shell> mysqlhotcopy [opciones] nombre_bd /ruta/nuevo/directorio
http://www.mysql-hispano.org/page.php?id=4&pag=7