se paran los gif al pulsar

[¿es a mi?]

Si son .swf no son .gif
Cuando abres una ventana nueva en el navegador, en palabras coloquiales, el PC pasa a atender esa ventana, dedicando a ella los recursos y dejando la anterior inactiva. Si pinchas sobre la primera, deberían continuar las animaciones en marcha. Esto ocurre con IE y gif animados, pero no lo he probado con swf
Igual otro colega te da una explicación más exacta.
Saludos