A ver si poniéndolo así te sale

:
Código PHP:
<SCRIPT LANGUAGE='JavaScript'>
<!--
// Función que actualiza la página al cambiar el Número de Factura
function BuscaAfiliado ()
{
Factura = document.forms.form1.Factura.value;
Diagnostico = document.forms.form1.Diagnostico.value;
window.location = 'ConsultaAfiliados.php?Factura='+Factura+'&Diagnostico ='+Diagnostico;
}
// -->
<!--
// Función que actualiza la página al cambiar el Código de Diagnostico
function BuscaDiagnostico ()
{
Diagnostico = document.forms.form1.Diagnostico.value;
Factura = document.forms.form1.Factura.value;
window.location = 'ConsultaAfiliados.php?Factura='+Factura+'&Diagnostico ='+Diagnostico;
}
// -->
</SCRIPT>
Ya nos dirás si ha habido suerte