Indexa swf si, pero no los interpreta. Eso significa que no sigue los vínculos y esa es la importancia de la que se está hablando.
Puede ser que ciertas empresas no necesiten de los buscadores, pero más allá de eso, siempre van a necesitar de la usabilidad. Y además, tal vez no necesita de los buscadores, pero la verdad que no se pierde nada haciendo la página al menos un poco accesible para los crawlers.
Se pueden hacer menús muy vistosos sin necesidad de usar flash, y sin dejar afuera la oportunidad de que te encuentren por un buscador.