Hola un_tio:
Supongo que si usas lenguajes del servidor, te bastaría hacer una asignación del tipo:
var sesion = "<?php echo $variable_de_sesion; ?>";
Javascript me parece que no tiene esas cosas, pero desde el lenguaje que uses, podrás comunicarte con javascript...
... lo inverso implicaría recargar la página.
Saludos