phpMyadmid no gestiona un sistema de "templates" como otras aplicaciones tipo foros, CMS, etc ... Por ende todo cambio es "a pelo" sobre el código fuente del script que quieras modificar ...
Lo que pretendes no se trata de "interface" (cambiarla) sino de que restringas los permisos de los usuarios de Mysql .. así todas esas funcionalidades podrían estar o no como parte de los menus de Mysql .. pero las que no tenga permisos ya les saltará el aviso/error en consecuencia ..
Por ejemplo .. cosas como que sólo vea su BD asignada .. no las de los vecinos .. y de ahi sobre el SQL que puedan ejecutar .. Algunas de esas cosas en función de dichos permisos del usuario de Mysql que se usó para conectarte a Mysql por médio de phpMyadmin ya lo "filtra" para no ofrecer ciertos menus o acciones a realizar.
El tema de gestión de usuarios de Mysql no lo veras en un manual de phpMyadmin . .pues eso es sólo un "GUI" para Mysql .. (administrador) .. Revisa el manual oficial de Mysql:
www.mysql.com
De todas forma puedes ver también la documentación oficial de phpMyadmin y los links hacia tutoriales de este que podrás ver en:
http://www.phpmyadmin.net/home_page/docs.php
Un saludo,