Exactamente, porque el evento mouseDown es cuando presionas el mouse sobre el mc en cuestión (eso de presionar es como para imaginarse el mouse presionado)

(algo así como el press)... en fin, wujaujwujJaUJAA, bueno.. la solución sería que hagas un ciclo:
Código:
//en el 1 frame de tu movie
stop();
mc.onMouseDown = function(){
i=100;
this.onEnterFrame=function(){
if(i>0){
this._alpha=i;
i--;
}
else {
delete this.onEnterFrame;
}
};
};
Pensando que el movieclip se llama "mc" (nombre de instancia)