Claro, hasta ahora lo que se ha hecho es deshabilitarlo, no cambiar su valor; hay que quitar el estado "checked" o el valor del texto
antes de deshabilitarlo:
function deshabilitainfo(){
with (document.form1)
{
EMPRESA_ACTUAL.value = "";
EMPRESA_ACTUAL.disabled = true;
for(i=0; i<regimen.length; i++)
{ regimen[i].checked = false;
regimen[i].disabled = true;
}
}
}