Pues lo veo muy muy chungo. Como no te instales un server local en tu pc (
http://www.maestrosdelweb.com/editorial/phpmysqlap/), descargues toda la base de datos y la metas en tu server local, haces la conversión en local y luego vuelves a subir toda la base de datos ya convertida...
En serio, valora si es realmente necesario hacer ese cambio de sistema de foros, pues al tener un foro tan grande como el tuyo, la conversión de la base de datos es realmente complicada.