Yo uso phpmyadmin 261 y mysql 4.1.0 y en el phpmyadmin en 'operaciones' de la tabla me dá a escoger el tipo de tabla y entre las opciones está innodb.
Instalar php + apache + mysql no es nada complicado, lo único es configurar el http.conf para que trabaje con php...
De todas maneras prueba a bajarte la última versión del phptriad...
Saludos.
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