Uno puede colocar lo que quiera dentro de esos archivos.
Conexiones funciones, sub rutinas, clases, etc etc etc ..lo que sea.
Personalmente estoy encontra de usar extenciones .INC.
y mis includes los hago con extenciones .asp
ya que si en un browser colocas
http://misioto.com/conexion.inc
y en conexion.inc tines la password de tu BD , esta se revelara como un documento de texto.
lo cual, obviamente, suquea con cuatica.