Si tu antivirus te mostraba como que estos dos archivos estaban infectados para eliminarlos pondes inicia en
"Modo a prueba de fallos" (modo seguro) o utilizar un programa llamado
" KillBox " el cual tenes que ponerle la ruta del archivo para poder eliminarlo.
También te recomiendo que le pases una Antivirus Online como Panda para ver si no te quedo mas nada oculto en el sistema.
Salu2